MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Cyanothece sp. ATCC 51142 plasmid C

Total Repeats: 255

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010542	T	6	6	1	6	0 %	100 %	0 %	0 %	172034886
2	NC_010542	AATT	2	8	16	23	50 %	50 %	0 %	0 %	172034886
3	NC_010542	TAT	3	9	121	129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034886
4	NC_010542	AGA	2	6	166	171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	172034886
5	NC_010542	A	8	8	171	178	100 %	0 %	0 %	0 %	172034886
6	NC_010542	AAT	2	6	323	328	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034886
7	NC_010542	AAG	2	6	367	372	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	172034886
8	NC_010542	CAA	2	6	380	385	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034886
9	NC_010542	A	8	8	389	396	100 %	0 %	0 %	0 %	172034886
10	NC_010542	AT	3	6	430	435	50 %	50 %	0 %	0 %	172034886
11	NC_010542	ATT	2	6	514	519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034886
12	NC_010542	AT	3	6	551	556	50 %	50 %	0 %	0 %	172034886
13	NC_010542	TGT	2	6	565	570	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034886
14	NC_010542	GAT	2	6	587	592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034886
15	NC_010542	TTA	2	6	593	598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034886
16	NC_010542	AT	3	6	644	649	50 %	50 %	0 %	0 %	172034886
17	NC_010542	TTA	2	6	657	662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034886
18	NC_010542	TAA	2	6	670	675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034886
19	NC_010542	ATA	2	6	697	702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034886
20	NC_010542	A	6	6	1082	1087	100 %	0 %	0 %	0 %	172034887
21	NC_010542	GTG	2	6	1185	1190	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034887
22	NC_010542	TCG	2	6	1249	1254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034887
23	NC_010542	TGG	2	6	1322	1327	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034887
24	NC_010542	GGT	2	6	1329	1334	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034887
25	NC_010542	CAG	2	6	1373	1378	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172034887
26	NC_010542	TAAT	2	8	1457	1464	50 %	50 %	0 %	0 %	172034887
27	NC_010542	AGC	2	6	1513	1518	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172034887
28	NC_010542	TTC	2	6	1519	1524	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034887
29	NC_010542	GAT	2	6	1555	1560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034887
30	NC_010542	ATT	2	6	1569	1574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034887
31	NC_010542	GTT	2	6	1622	1627	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034887
32	NC_010542	ATT	2	6	1650	1655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034887
33	NC_010542	TAG	2	6	1670	1675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034887
34	NC_010542	TGGT	2	8	1739	1746	0 %	50 %	50 %	0 %	172034887
35	NC_010542	GATT	2	8	1747	1754	25 %	50 %	25 %	0 %	172034887
36	NC_010542	GGT	2	6	1755	1760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034887
37	NC_010542	GTC	2	6	1761	1766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034887
38	NC_010542	TGT	2	6	1803	1808	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034887
39	NC_010542	TCT	2	6	1810	1815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034887
40	NC_010542	TCA	2	6	1867	1872	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034887
41	NC_010542	GAAT	2	8	1937	1944	50 %	25 %	25 %	0 %	172034887
42	NC_010542	GCTT	2	8	1963	1970	0 %	50 %	25 %	25 %	172034887
43	NC_010542	ATC	2	6	2016	2021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034887
44	NC_010542	GA	3	6	2053	2058	50 %	0 %	50 %	0 %	172034887
45	NC_010542	G	6	6	2059	2064	0 %	0 %	100 %	0 %	172034887
46	NC_010542	ATT	2	6	2100	2105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034887
47	NC_010542	T	6	6	2104	2109	0 %	100 %	0 %	0 %	172034887
48	NC_010542	T	8	8	2112	2119	0 %	100 %	0 %	0 %	172034887
49	NC_010542	AT	3	6	2151	2156	50 %	50 %	0 %	0 %	172034887
50	NC_010542	ATG	2	6	2165	2170	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034887
51	NC_010542	G	7	7	2209	2215	0 %	0 %	100 %	0 %	172034887
52	NC_010542	T	6	6	2237	2242	0 %	100 %	0 %	0 %	172034887
53	NC_010542	ATG	2	6	2395	2400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034887
54	NC_010542	TCT	2	6	2406	2411	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034887
55	NC_010542	CTA	2	6	2414	2419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034887
56	NC_010542	ATA	2	6	2571	2576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034887
57	NC_010542	TTTC	2	8	2581	2588	0 %	75 %	0 %	25 %	172034887
58	NC_010542	TAA	2	6	2593	2598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034887
59	NC_010542	TTC	2	6	2604	2609	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034887
60	NC_010542	TGG	2	6	2632	2637	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034887
61	NC_010542	CTT	2	6	2672	2677	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034887
62	NC_010542	CGA	2	6	2735	2740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172034887
63	NC_010542	TAG	2	6	2748	2753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034887
64	NC_010542	TTGGT	2	10	2758	2767	0 %	60 %	40 %	0 %	172034887
65	NC_010542	TAG	2	6	2790	2795	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034887
66	NC_010542	CTT	2	6	2854	2859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034887
67	NC_010542	CTA	2	6	2896	2901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034887
68	NC_010542	CGG	2	6	2924	2929	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	172034887
69	NC_010542	TCT	2	6	2953	2958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034887
70	NC_010542	TGA	2	6	2969	2974	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034887
71	NC_010542	AGG	2	6	2992	2997	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	172034887
72	NC_010542	T	8	8	3047	3054	0 %	100 %	0 %	0 %	172034887
73	NC_010542	GCT	2	6	3121	3126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034887
74	NC_010542	GT	3	6	3163	3168	0 %	50 %	50 %	0 %	172034887
75	NC_010542	TTGA	2	8	3215	3222	25 %	50 %	25 %	0 %	172034887
76	NC_010542	TCGATG	2	12	3319	3330	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172034887
77	NC_010542	GGT	2	6	3342	3347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034887
78	NC_010542	TC	3	6	3403	3408	0 %	50 %	0 %	50 %	172034887
79	NC_010542	TTG	2	6	3431	3436	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034887
80	NC_010542	TCG	2	6	3445	3450	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034887
81	NC_010542	TGT	2	6	3538	3543	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034887
82	NC_010542	T	7	7	3551	3557	0 %	100 %	0 %	0 %	172034887
83	NC_010542	TAG	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034888
84	NC_010542	AAC	2	6	4330	4335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034888
85	NC_010542	TAA	2	6	4388	4393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034888
86	NC_010542	AT	3	6	4399	4404	50 %	50 %	0 %	0 %	172034888
87	NC_010542	ACG	2	6	4450	4455	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172034888
88	NC_010542	GAT	2	6	4494	4499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034888
89	NC_010542	CAG	2	6	4501	4506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172034888
90	NC_010542	ATG	2	6	4516	4521	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034888
91	NC_010542	TCA	2	6	4524	4529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034888
92	NC_010542	TAC	2	6	4532	4537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034888
93	NC_010542	CTT	2	6	4572	4577	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034888
94	NC_010542	GGTTTA	2	12	4587	4598	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	172034888
95	NC_010542	TAAT	2	8	4623	4630	50 %	50 %	0 %	0 %	172034888
96	NC_010542	ACCCCG	2	12	4920	4931	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	172034889
97	NC_010542	GTT	2	6	4949	4954	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034889
98	NC_010542	GTTT	2	8	5107	5114	0 %	75 %	25 %	0 %	172034889
99	NC_010542	AAC	2	6	5214	5219	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034889
100	NC_010542	GTT	2	6	5246	5251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034889
101	NC_010542	TGT	2	6	5299	5304	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034889
102	NC_010542	G	6	6	5342	5347	0 %	0 %	100 %	0 %	172034889
103	NC_010542	T	6	6	5453	5458	0 %	100 %	0 %	0 %	172034889
104	NC_010542	TGC	2	6	5480	5485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034889
105	NC_010542	AGGT	2	8	5526	5533	25 %	25 %	50 %	0 %	172034889
106	NC_010542	TGA	3	9	5562	5570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034889
107	NC_010542	GTTGA	2	10	5585	5594	20 %	40 %	40 %	0 %	172034889
108	NC_010542	TTC	2	6	5708	5713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034889
109	NC_010542	CTG	2	6	5720	5725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034889
110	NC_010542	TCT	2	6	5743	5748	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034889
111	NC_010542	CCGTTC	2	12	5751	5762	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	172034889
112	NC_010542	CAT	2	6	5768	5773	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034889
113	NC_010542	GTC	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034889
114	NC_010542	GTT	2	6	5815	5820	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034889
115	NC_010542	GCATCA	2	12	5833	5844	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172034889
116	NC_010542	T	6	6	5863	5868	0 %	100 %	0 %	0 %	172034889
117	NC_010542	GAG	2	6	5872	5877	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	172034889
118	NC_010542	TCA	2	6	6011	6016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034889
119	NC_010542	GCT	2	6	6019	6024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172034889
120	NC_010542	GAT	2	6	6083	6088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034889
121	NC_010542	T	6	6	6092	6097	0 %	100 %	0 %	0 %	172034889
122	NC_010542	T	6	6	6171	6176	0 %	100 %	0 %	0 %	172034889
123	NC_010542	ATCT	2	8	6185	6192	25 %	50 %	0 %	25 %	172034889
124	NC_010542	TGG	2	6	6224	6229	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	172034889
125	NC_010542	ATG	2	6	6235	6240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034889
126	NC_010542	TATT	2	8	6260	6267	25 %	75 %	0 %	0 %	172034889
127	NC_010542	GGGT	2	8	6349	6356	0 %	25 %	75 %	0 %	172034889
128	NC_010542	AC	3	6	6500	6505	50 %	0 %	0 %	50 %	172034889
129	NC_010542	T	6	6	6507	6512	0 %	100 %	0 %	0 %	172034889
130	NC_010542	T	6	6	6554	6559	0 %	100 %	0 %	0 %	172034889
131	NC_010542	CAG	2	6	6560	6565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172034889
132	NC_010542	TAC	2	6	6602	6607	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034889
133	NC_010542	ATT	2	6	6613	6618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034889
134	NC_010542	GT	3	6	6656	6661	0 %	50 %	50 %	0 %	172034890
135	NC_010542	AGGA	2	8	6974	6981	50 %	0 %	50 %	0 %	172034891
136	NC_010542	GAT	2	6	7024	7029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034891
137	NC_010542	GAT	2	6	7046	7051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034891
138	NC_010542	TTA	2	6	7056	7061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034891
139	NC_010542	GA	3	6	7087	7092	50 %	0 %	50 %	0 %	172034891
140	NC_010542	GTT	2	6	7105	7110	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	172034891
141	NC_010542	TCT	2	6	7172	7177	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	172034891
142	NC_010542	ACT	2	6	7184	7189	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034891
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144	NC_010542	AGT	2	6	7229	7234	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034891
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149	NC_010542	GA	3	6	7342	7347	50 %	0 %	50 %	0 %	172034891
150	NC_010542	ATC	2	6	7423	7428	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	172034891
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153	NC_010542	A	8	8	7868	7875	100 %	0 %	0 %	0 %	172034893
154	NC_010542	AAAG	2	8	7903	7910	75 %	0 %	25 %	0 %	172034893
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157	NC_010542	A	6	6	7945	7950	100 %	0 %	0 %	0 %	172034893
158	NC_010542	AAC	2	6	7958	7963	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034893
159	NC_010542	A	6	6	7980	7985	100 %	0 %	0 %	0 %	172034894
160	NC_010542	TGA	2	6	7986	7991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034894
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162	NC_010542	ATG	2	6	8154	8159	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172034894
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164	NC_010542	GGGAT	2	10	8175	8184	20 %	20 %	60 %	0 %	172034894
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177	NC_010542	A	8	8	8799	8806	100 %	0 %	0 %	0 %	172034896
178	NC_010542	AG	3	6	8817	8822	50 %	0 %	50 %	0 %	172034896
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252	NC_010542	AAT	2	6	14563	14568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	172034904
253	NC_010542	TAT	2	6	14613	14618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	172034904
254	NC_010542	CAA	2	6	14624	14629	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	172034904
255	NC_010542	T	6	6	14652	14657	0 %	100 %	0 %	0 %	172034904

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.